Histamin intoleransı, aslında vücudun histamine karşı gösterdiği bir "alerji" değil, bir "kapasite sorunudur." En basit tabiriyle; vücuda giren veya vücutta üretilen histamin miktarı ile bu histamini etkisiz hale getiren enzimlerin gücü arasındaki dengenin bozulmasıdır.